ศูนย์ความเป็นเลิศเฉพาะทางด้านการจัดการและใช้ประโยชน์จากของเสียอุตสาหกรรมการเกษตร หรือเรียก สั้น ๆ ว่า ECoWaste เป็นหน่วยงานภายใต้ความร่วมมือระหว่างศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติและมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี โดยเริ่มจากกลุ่มวิจัย Biogas Technology ที่เกิดจากการรวมกลุ่มของอาจารย์ นักวิจัยและวิศวกร ที่สนใจด้านการบำบัดน้ำเสียตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2523 ปรับสถานะเป็นศูนย์ความเป็นเลิศฯ อย่างเป็นทางการในเดือนตุลาคม 2548 มีเป้าหมายเพื่อพัฒนาเทคโนโลยีการผลิตก๊าซชีวภาพจากของเสียอุตสาหกรรมอาหารและแปรรูปผลิตผลทางการเกษตร เพื่อการบำบัดของเสียและผลิตพลังงานทดแทน โดยมุ่งสู่การเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตก๊าซชีวภาพ และลดต้นทุนการก่อสร้างระบบ เพื่อให้มีการใช้กระจายไปในอุตสาหกรรมเกษตรที่มีศักยภาพ โดยเน้นการพัฒนาด้านจุลินทรีย์ควบคู่ไปกับการพัฒนาวิศวกรรมการออกแบบและกระบวนการ นอกจากนี้ได้มุ่งศึกษาการลดปริมาณของเสีย/เทคโนโลยีสะอาดในอุตสาหกรรมเกษตร เพื่อให้เกิดการจัดการของเสียในโรงงาน และเข้าสู่การเป็นโรงงานที่ปลดปล่อยมลพิษสู่สิ่งแวดล้อมน้อยที่สุด (Near Zero Discharge Factory)