การดำเนินงานกลุ่มวิจัยและพัฒนาของศูนย์ความเป็นเลิศเฉพาะทางด้านการจัดการและใช้ประโยชน์จากของเสียอุตสาหกรรมการเกษตร แบ่งออกเป็น 3 กลุ่มวิจัย ดังนี้
1.การพัฒนาเทคโนโลยีในการผลิตแก๊สชีวภาพ
เป้าหมาย เพื่อวิจัยและพัฒนารูปแบบของระบบผลิตก๊าซชีวภาพให้มีประสิทธิภาพสูงระบบมีขนาดเล็กลงราคาถูกลง และมีเสถียรภาพง่ายต่อการดูแลรักษา โดยเฉพาะในการบำบัดน้ำเสียที่มีค่าซีโอดีหรือน้ำเสียที่มีความเข้มข้นสูงและน้ำเสียที่มีองค์ประกอบยากต่อการย่อยสลาย เช่น น้ำเสียที่มีความเข้มข้นของซัลเฟตสูง รวมทั้งการพัฒนารูปแบบของถังปฏิกรณ์ เพื่อให้สามารถรับการป้อนสารอินทรีย์ที่มีความเข้มข้นของแข็งสูงขึ้น (high solid content) ทั้งโดยการทำการทดลอง และการใช้แบบจำลองทางคณิตศาสตร์ ในการช่วยให้เข้าใจกลไกที่เกิดขึ้นในถังปฏิกรณ์ เพื่อประโยชน์ในการออกแบบและการมีระบบควบคุมถังปฏิกรณ์ผลิตก๊าซชีวภาพ
2.การพัฒนาจุลินทรีย์ไร้อากาศ
เป้าหมายเพื่อวิจัยและพัฒนาให้ได้องค์ความรู้ในการสร้างเม็ดตะกอนจุลินทรีย์ที่มีประสิทธิภาพสูง ( High Effective Anaerobic Microorganism; HEM ) และการพัฒนา molecular techniques เพื่อการจำแนกและการตรวจวัดกลุ่มประชากรจุลินทรีย์ ( microbial ecology )
3.การวิจัยด้านอุตสาหกรรมมันสำปะหลัง
เป้าหมายเพื่อให้อุตสาหกรรมเกษตรของประเทศไทยพร้อมที่จะเข้าสู่ยุคเศรษฐกิจสีเขียว (green economy) โดยการวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีและบุคลากรในอุตสาหกรรมเกษตร เพื่อให้มีการผลิตที่ใช้ทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพ ประยุกต์ใช้หลักการ Zero Waste ในการจัดการ และบุคลากรมีความรู้ด้านวิทยาศาสตร์ วิศวกรรมและนวัตกรรมของกระบวนการผลิต โดยในระยะแรกจะมุ่งเน้นที่อุตสาหกรรมแป้งมันสำปะหลัง